Introducción: Con el acceso a la terapia antirretroviral hace más de una década, la aparición y subsiguiente propagación de resistencia a los medicamentos antivirales son una preocupación, lo que podría ser una amenaza para el impacto sostenido de terapias de primera línea. Los objetivos de este estudio fueron analizar la distribución de subtipo, y el nivel y patrones de resistencia a los fármacos antirretrovirales en pacientes no tratados infectados con VIH-1. Materiales y métodos: Se obtuvieron doscientas setenta y cuatro muestras de plasma de pacientes VIH-1 del período abril 2007 a diciembre 2013, las que se compararon con 249 obtenidas entre mayo a septiembre del 2003. Se realizó una extracción de ARN, RT-PCR, nested PCR y secuencia del gen de la polimerasa viral. Para interpretar la resistencia transmitida se uso la lista mutaciones de la OMS (v. 2009) y para la estimación de la resistencia, las bases de datos de Stanford (v. 7.0) y Rega (v. 8.0.2). El análisis filogenético se realizó con Neighbor-Joining. Resultado: El subtipo B fue el más frecuente (37,1%), seguido por CRF20-23-24_BG (20,5%), CRF19_cpx (19,1%) y CRF18_cpx (10,1%). Presentaron evidencia de resistencia a los medicamentos, 39 virus (7,5%); con mutaciones de resistencia a los inhibidores de la transcriptasa inversa análogos de nucleósidos 17 (43,5%), 5 a los no análogos (12,8%) y 4 a los inhibidores de la proteasa (10,3%). Conclusiones: Este análisis pone de relieve la necesidad de realizar estudios de vigilancia en Cuba lo que nos permitiría conocer la eficacia de los regímenes de primera línea prescritos en el país, así como la necesidad de realizar ensayos de resistencia en esta población.